微生物气泡图生成器
一个专业的微生物丰度可视化工具,支持任意数量样本,自动调整布局,生成美观的气泡热图。
功能特点
- 📊 智能可视化:自动生成微生物丰度气泡图,气泡大小和颜色表示对数转换后的数值
- 📁 灵活数据输入:支持CSV/TSV格式,支持任意数量的样本列
- 🎨 多种颜色方案:8种预设颜色方案(蓝色渐变、Viridis、Plasma、Inferno等)
- 🔢 对数转换:支持Log₁₀(RPM+1)和Log₂(RPM+1)两种转换方式
- 📐 自适应布局:根据样本和微生物数量自动调整图表尺寸和气泡大小
- 💾 多格式导出:支持导出PNG图片、PDF文档、处理后的数据CSV和原始数据表格
- 🖱️ 交互式体验:鼠标悬停显示详细信息,支持多种显示选项
快速开始
在线使用
- 页面会自动加载示例数据并生成图表
- 点击"加载示例数据(实际格式)"按钮可以重新加载示例数据
下载示例数据
📥 下载示例CSV文件:data-气泡热图数据.csv
此文件包含实际的数据格式示例,包含13个样本和5种微生物,可以帮助您了解正确的数据格式。
使用方法
1. 数据准备
准备CSV或TSV格式的数据文件,格式要求:
- 第一列:微生物/物种名称(文本)
- 后续列:样本名称(列名),数值为RPM值
- 支持任意数量的样本列
- 支持小数和0值
下载示例数据文件:
📥 下载示例CSV文件 (data-气泡热图数据.csv)
此文件包含实际的数据格式示例,包含13个样本和5种微生物,可以帮助您了解正确的数据格式。
💡 提示:下载示例CSV文件查看完整的数据格式。第一列为物种名称,后续列为样本名称,数值为RPM值(支持小数和0值)。
2. 上传数据
有三种方式加载数据:
- 拖放上传:直接将CSV/TSV文件拖放到上传区域
- 点击选择:点击"选择文件"按钮,从文件浏览器中选择文件
- 示例数据:点击"加载示例数据(实际格式)"按钮,使用内置示例数据(自动加载)
3. 设置参数
对数转换设置
- Log₁₀(RPM+1) 转换:适用于一般微生物数据分析(默认)
- Log₂(RPM+1) 转换:适用于基因表达数据分析
可视化设置
- 颜色方案:选择8种预设颜色方案之一
- 气泡大小范围:调整气泡的最小和最大尺寸(像素)
- 对数转换值范围:设置用于颜色和大小映射的数值范围
- 显示选项:
- 显示格子边框
- 在气泡中显示数值
- 在悬停提示中显示对数值
- 格式化数值(千位分隔符)
- 换行长样本名称
- 自动旋转样本标签
自动调整功能
- 自动调整气泡大小:根据样本和微生物数量自动调整气泡大小
- 自动调整数值范围:根据数据范围自动调整对数转换值范围
- 全部自动调整:一键自动调整所有参数
4. 生成图表
点击"生成热图"按钮,系统将自动生成气泡图。图表会根据数据量自动调整尺寸和布局。
5. 导出结果
支持多种导出格式:
- 导出PNG图片:导出高分辨率PNG格式图片
- 导出PDF文档:导出包含图表和图例的PDF文档
- 导出处理后的数据:导出对数转换后的数据(CSV格式)
- 导出数值表格:导出原始RPM值数据(CSV格式)
技术说明
数据转换公式
- Log₁₀转换:
Log₁₀(RPM + 1)
- Log₂转换:
Log₂(RPM + 1)
气泡映射规则
- 气泡大小:根据对数转换值在设定范围内线性映射到气泡半径
- 气泡颜色:根据对数转换值在设定范围内映射到颜色方案
自适应规则
- 气泡大小:根据样本数量和微生物数量自动调整
- ≤5个样本:5-35像素
- 6-10个样本:4-30像素
- 11-20个样本:3-25像素
- >20个样本:2-20像素
- 图表尺寸:根据样本和微生物数量动态计算,最小800×500像素,最大2000×1500像素
常见问题
Q: 为什么有些气泡显示为0?
A: RPM值为0的数据点不会显示气泡,这是正常现象。
Q: 如何调整气泡大小?
A: 使用"气泡大小范围"滑块,或点击"自动调整"按钮让系统自动优化。
Q: 支持哪些文件格式?
A: 支持CSV(逗号分隔)和TSV(制表符分隔)格式。
Q: 可以处理多少样本?
A: 理论上支持任意数量的样本,系统会自动调整布局以适应数据量。
Q: 导出的图片分辨率如何?
A: PNG导出使用SVG转换,PDF导出使用2倍分辨率,确保高质量输出。
数据隐私
重要提示:所有数据处理都在浏览器本地完成,数据不会上传到任何服务器,确保数据安全。
版本信息
当前版本:v1.6.2
更新日期:2025年